Nel 1256 il re di Sicilia Manfredi di Hohenstaufen, fondò la città di Manfredonia per trasferirvi la popolazione di Siponto la quale, dopo il terremoto che distrusse la località, viveva in un'area impoverita e resa insalubre dall'impaludamento della zona. Nel 1264 la città ed il castello vennero inaugurati dallo stesso Manfredi, la nuova città ottenne lo stato di porto franco e la sua popolazione crebbe rapidamente. Gli Angioini completarono la costruzione del castello con bastioni, mura di cinta e fossato; Carlo I confermò i privilegi che Manfredi diede alla città e nel 1274 fu terminato il Duomo. Nel 1300 la città s'avviava a diventare il centro commerciale più importante della Capitanata.